等级进化：部分宝可梦随着等级提升会自然进化。比如最初形态的宝可梦在达到一定等级后会进化为中间形态，中间形态宝可梦再达到更高等级时会进行第二次进化，成为最终形态。例如小火龙，16 级进化为火恐龙，36 级进化为喷火龙。
道具进化：需要使用特定道具来促使宝可梦进化。比如伊布，使用水之石可进化为水精灵，若要让水精灵进一步进化，可能需要其他特定条件或道具，但在《口袋妖怪 XY》中一般没有这种设定。此外，伞电蜥使用日之石可以进化成光电伞蜥。
亲密度进化：玩家与宝可梦之间建立深厚的羁绊关系可触发进化。像伊布亲密度达到 220，在白天升级会进化为太阳精灵，太阳精灵在《口袋妖怪 XY》中通常没有基于亲密度的再次进化;伊布亲密度达到 220，在夜晚升级会进化为月精灵，一般也不存在后续基于亲密度的进一步进化。
另外在《口袋妖怪 XY》中还有超级进化，可让部分宝可梦在对战中获得更强力量。但这不属于常规意义上的三次进化范畴，而是一种对战中的暂时性进化。